基础医学院的前身是1954年9月14日成立的北京医学院基础医学部（简称基础部）。1960年2月改称基础医学系。1985年5月成立北京医科大学后，正式更名为基础医学院。2000年4月北京大学与北京医科大学合并后，更名为北京大学基础医学院至今。 北京大学基础医学院现设12个系、1个教研室、2个研究所及1个医学实验教学中心。拥有“基础医学”、“生物学”和“中西医结合”3个博士学位授权的一级学科（涵盖15个二级学科）、拥有“药理学”二级学科、7个国家重点二级学科、1个北京市重点一级学科、2个博士后流动站、6个省（部）级重点实验室，以及一批具备国际先进水平的科研基地和实验技术平台。

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